Den Namen bekam es von dem Fluss Bosna, der bei Sarajevo entspringt und über Zenica und Doboj bei Bosanski Šamac in die Save fließt.

Schon in der Antike war Bosnien ein wichtiges Transitland zwischen Adria und Donauraum, so dass sich in dem kargen und gebirgigen Land einige wohlhabende Handelsstädte herausbilden konnten.

Nach der Einwanderung der Slawen im 6. und 7. Jahrhundert war Bosnien weiterhin meist eine von Byzanz abhängige Provinz mit lokalen Fürsten. Es war zeitweise auch Teil der bulgarischen und serbischen Großreiche, später auch Teil Ungarns . Der Begriff Bosnien taucht erstmals um das 10. Jahrhundert auf, allerdings bezieht er sich hier nur auf das Kernland am Oberlauf der Bosna. In den Jahren 1154 bis 1463 war es meist ein selbstständiges Fürstentum bzw. später Königreich.

1299 führte der bosnische Ban Pavao Šubic Bribirski den Titel "Herr über ganz Bosnien" (totius Bosniae Dominus). Seine Gebiete reichten von Gvozd bis an das Adriatische Meer, die Neretva und die Drina. Mladen II wurde sein Nachfolger.

1299 – 1321 herrschten die Fürsten von Bribir (Bribirski knezovi) über Bosnien und Hum.

1377 wurde der bosnische Ban Stefan Tvrtko Kotromanic in Mili bei Visoko zum "König von Bosnien, Serbien/Rascien und Herzegowina/Hum sowie aller Serben" gekrönt, was ihn in politischen Konflikt mit den regulären Nachfolger der serbischen Königskrone Marko Mrnjavcevic, der im Gebiet des heutigen Mazedoniens herrschte, brachte. Wobei es nie zu einer militärischen Auseinandersetzung zwischen beiden Königen kam. Markos Onkel Ugljesha Mrnjavcevic herrschte über die Hum, die heutige Herzegowina mit Sitz in Trebinje. Das Königreich Bosnien wurde zeitweise der mächtigste Staat der Region.

1389 folgte König Stefan Tvrtko Kotromanic dem Aufruf des serbischen Fürsten Lazar Hrebeljanovic und entsandte ein Teil seines Heeres zum Amselfeld um sich dort mit den restlichen serbischem Herr den Osmanen entgegen zu stellen.

1443 bis 1461 König Stefan Tomaš Kotromanic.

1463 wurde Sarajewo von den Osmanen eingenommen. König Stjepan Tomaš Kotromanic unterwarf sich. Mit dem Tod seiner Frau Katarina Kosaca-Kotromanic 1478 in Rom erlosch die bosnische Krone.

Erst 70 Jahre nach Sarajewos fiel Bihac als letzte bosnische Stadt. Bosnien wurde damit zu einem osmanischen Wilajet (Provinz). Mit der Rückeroberung Südungarns und Slawoniens durch Prinz Eugen wurde das Land zur Grenzzone. Österreichische Truppen versuchten mehrmals, auch Bosnien zu erobern, was aber scheiterte, so dass sich die Savegrenze stabilisieren konnte. Allerdings zerstörte Prinz Eugen bei einem Feldzug Sarajewo. In den Gebieten um Bihac und entlang der Save wurden Befestigungen und Wehrdörfer eingerichtet. In diesem Grenzgebiet wurden auch viel Serben angesiedelt, die damals auch als Vlachen bezeichnet wurden. Mit der Reconquista in Spanien siedelten sich auch vertriebene sephardische Juden in Bosnien an.

Die Balkan-Halbinsel um 1888

1878 wurde Bosnien österreichisch-ungarischer Verwaltung unterstellt, während es bis 1908 formell weiterhin dem Sultan unterstand. In dieser Zeit wurde der Begriff Bosnien und Herzegowina (Bosna i Hercegovina) geprägt.

Der mittelalterliche Staat Bosnien war im wesentlichen orthodox. Allerdings fiel hier die aus Bulgarien kommende Bogomilen-Bewegung, hier auch als bosnische Kirche bekannt, auf fruchtbaren Boden und konnte sich länger halten als in Bulgarien selbst. Die früher beliebte Behauptung, die von der orthodoxen Kirche verfolgten Bogomilen haben den Grundstock für die Islamisierung Bosniens gelegt, ist heute umstritten, da es Hinweise gibt, diese Bewegung sei zur Zeit der türkischen Eroberung im wesentlichen schon ausgestorben gewesen. Auch die Verbindung zwischen den Stecci (Einz.: Stecak, eine für Bosnien typische Art von Steinmonumenten mit einer Verbindung aus christlichen Symbolen und rätselhaften Tierzeichnungen u. ä.) und den Bogumilen ist nicht gesichert.